Przy zachowaniu standardowych ustawień (ścieżki dostępu) system pod Linux powinien się zaktualizować automatycznie po rozpakowaniu i uruchomieniu pliku instalacyjnego. Plik instalacyjny sprawdza ustawienia i po wykryciu zainstalowanego PPEx zaczyna wykonywać aktualizację.
Program zaczyna instalować się na nowo jeżeli wcześniej zostały zmienione ustawienia standardowe w lokalizacji instalacji. W takim przypadku należy w plikach instalacyjnych zmienić ręcznie ustawienia ścieżki dostępu na odpowiadające stanowi faktycznemu starej instalacji.